公元前207年刘邦攻入咸阳,秦灭亡。刘邦入驻秦皇宫当日，一阵狂风吹来，皇宫上空魔气云集，从魔气中传出一个嘶哑的声音“待我出关之时，便是尔等灭忙之日”。刘邦大惊，立即令张良彻查此事。张良夜观星象推算出，魔气乃是秦始皇所化，得知秦始皇当年吃下长生药后陷入沉睡，必会有醒来的一日;于是便令自己的后人世代以诛灭秦始皇为己任。

公元183年，翼州一带连年干旱，民不聊生。相传巨鹿人张角到翼州以后，施法降雨，大获民心。然而在降雨过后，一处人烟稀少的地方却露出了一座地宫;地宫入口上雕刻着3个大字“始皇陵”。当地民众连夜上报给张角;翌日张角孤身一人进入皇陵。三天过后，仍未看到张角出来，众人担心张角出事，欲进皇陵救人，就在此时，皇陵却凭空消失。

公元184年，张角再次出现，创立太平道，并掀起黄巾起义，欲推翻东汉统治。黄巾之乱由此开始……

主角乃是汉朝张良的后人，父辈世代以诛灭秦始皇、守卫汉室为己任。故事主线以疑似秦始皇出世，主角追杀黑影来展开，在此过程中，主角以拥护汉室正统的曹操为首，与秦始皇、刘邦一伙、孙权一伙展开斗争……